Le Japon est peuplé depuis le paléolithique. Une présence humaine y est indiquée par l'archéologie sur plusieurs niveaux de fouille depuis plus de 12 000 ans ; celle-ci débute par l'arrivée du peuple indigène paléo-sibérien Aïnous, premiers habitants du Japon. À la faveur du réchauffement climatique suivant la glaciation de Würm, les Aïnous sont restés isolés de l’Eurasie et ont développé une forme de culture fondée sur la chasse, la cueillette et la pêche qui a perduré jusqu’au début du XX^e siècle.

Les premières vagues migratoires de l’ère moderne auraient débuté à partir du VII^e siècle av. J.-C. La légende rapporte que le Japon fut fondé au VII^e siècle av. J.-C. par l’empereur Jinmu. Le système d’écriture chinois, ainsi que le bouddhisme furent introduits durant les V^e et VI^e siècles par les moines bouddhistes chinois et coréens, amorçant une longue période d’influence culturelle chinoise. Les empereurs étaient les dirigeants symboliques, alors que le véritable pouvoir était le plus souvent tenu par les puissants nobles de la Cour, des régents du clan Fujiwara (du VIII^e siècle au milieu du XI^e siècle) aux shoguns (général en chef des armées, à partir de 1192). L’apogée de l’autorité impériale se situe au début de l’époque de Nara (première partie du VIII^e siècle) et à la fin de celle de Heian par le biais du système des empereurs retirés (d’environ 1053 jusqu’à 1085-1092).

Par la suite, à partir de la fin du XII^e siècle, la réalité du pouvoir est prise en main par une classe guerrière étrangère à la cour impériale, celle des samouraïs. Ce gouvernement militaire s'accompagne d'importants mouvements de population, source de brassage sociétal et d'essor économique. Les shoguns s'appuient sur des réseaux efficaces d'hommes-liges, les Gokenin, qui, en échange de leur soutien et de leur fidélité, obtiennent des terres et le gouvernement de provinces ou de châteaux. Se met en place alors un système féodal qui va perdurer jusqu'au XIX^e siècle. Au cours de la deuxième moitié du XV^e siècle et au XVI^e siècle, durant l'époque Sengoku, le délitement du pouvoir central aboutit à une privatisation des charges publiques et des provinces par leurs gouverneurs, ainsi qu'à une instabilité politique et militaire constante. Le pays se retrouve ainsi divisé entre des domaines de taille variables dirigés par des clans guerriers rivaux, entretenant les uns contre les autres intrigues ou conflits ouverts. Une expression résume cette instabilité : Gekokujō, soit littéralement « Les plus faibles gouvernent les plus forts », chaque seigneur (ou daimyō) peut être renversé par des rivaux comme par ses propres vassaux, qui eux-mêmes sont menacés par des forces encore plus inférieures qu'eux, tandis que des bandes rebelles (ikkō-ikki) constituées de paysans, religieux ou petits nobles locaux se créent de véritables petits royaumes indépendants. Une succession de trois daimyō conquérants entre 1573 et 1603 (époque Azuchi Momoyama) vont permettre au Japon de retrouver définitivement une unité politique et d'encadrer l'organisation féodale par le système des han. Ces trois « unificateurs du Japon » sont successivement : Oda Nobunaga (1573-1582), Toyotomi Hideyoshi (1583-1598) et finalement Tokugawa Ieyasu qui s'impose à la bataille de Sekigahara en 1600 pour fonder en 1603 un gouvernement shogunal qui, depuis sa capitale d'Edo, va diriger l'archipel pendant deux siècles et demi (époque d'Edo).

À partir du XVI^e siècle, des commerçants venus tout d’abord du Portugal (1543), puis des Pays-Bas et d’Angleterre débarquèrent au Japon avec des missionnaires chrétiens. Pendant la première partie du XVII^e siècle, le bakufu (shogunat) Tokugawa craignit que ces missionnaires portugais ne fussent la source de périls analogues à ceux que subirent ses voisins (telles les prémices d’une conquête militaire par les puissances européennes ou un anéantissement) et la religion chrétienne fut formellement interdite en 1635 sous peine de mort accompagnée de torture. Puis, en 1639, le Japon cessa toute relation avec l’étranger, à l’exception de certains contacts restreints avec des marchands chinois et néerlandais à Nagasaki, précisément sur l’île de Dejima.

Cet isolement volontaire de deux siècles dura jusqu’à ce que les États-Unis, avec le commodore Matthew Perry, forcent le Japon à s’ouvrir à l’Occident par la politique de la canonnière en signant la convention de Kanagawa en 1854 après le pilonnage des ports japonais. Jusque-là, la plupart des Japonais ne connaissaient comme langue occidentale que le néerlandais, et découvrirent avec surprise l'existence d'autres langues, dont l'anglais des Américains.

En seulement quelques années, les contacts intensifs avec l’Occident transformèrent profondément la société japonaise. Le shogun fut forcé de démissionner et l’empereur fut réinvesti du pouvoir.

La restauration Meiji de 1868 mit en œuvre de nombreuses réformes. Le système de type féodal et l’ordre des samouraïs furent officiellement abolis et de nombreuses institutions occidentales furent adoptées (les préfectures furent mises en place). De nouveaux systèmes juridiques et de gouvernement ainsi que d’importantes réformes économiques, sociales et militaires transformèrent l'Empire du Japon en une puissance régionale. Ces mutations donnèrent naissance à une forte ambition qui se transforma en guerre contre la Chine (1895) et contre la Russie (1905), dans laquelle le Japon gagna la Corée, Taïwan et d’autres territoires.

L’expansionnisme militaire du Japon avait débuté dès le début du XX^e siècle avec l’annexion de la Corée en 1910. Il prit de l’ampleur au cours de l’ère Shōwa avec l’invasion de la Mandchourie en 1931 puis des provinces du nord de la Chine. Dans les premières années 1930 le Japon, ainsi que l'Allemagne et l'Italie, parviennent à se réapprovisionner en armement. En 1933 le Japon, désormais prêt à réinstaurer un système militaire plus stable, quitte la Société des Nations et se libère de ce fait des contraintes du traité. En 1937, l’empire se lança dans une invasion de la Chine qui débuta avec le bombardement stratégique de Shanghai et de Canton, ce qui entraîna une résolution de blâme de la Société des Nations à l’encontre du Japon mais surtout un écrasement des forces du Guomindang. Selon les estimations, entre cent cinquante mille et trois cent mille Chinois furent exterminés lors du massacre de Nankin (Nanjing) par l’armée impériale japonaise.

L’attaque de Pearl Harbor dans l’archipel d'Hawaï en 1941, visant à détruire une partie de la flotte de guerre américaine, déclencha la guerre du Pacifique et engagea l’Empire du Japon dans la Seconde Guerre mondiale au côté de l’Axe. Le Japon agrandit dès lors encore son emprise jusqu’à occuper la Birmanie, la Thaïlande, Hong Kong, Singapour, l’Indonésie, la Nouvelle-Guinée, l’Indochine française et l’essentiel des îles du Pacifique (de 1937 à 1942). Ce gigantesque empire militaire, appelé officiellement Sphère de coprospérité de la grande Asie orientale, était destiné à servir de réservoir de matières premières. L’occupation de ces territoires fut marquée par d’innombrables exactions à l’encontre des populations d’Extrême-Orient, crimes pour lesquels les pays voisins du Japon demandent toujours des excuses ou des réparations aujourd’hui.

L’empereur Shōwa procéda finalement à la reddition de l’empire du Japon le 15 août 1945 après les bombardements atomiques de Hiroshima et Nagasaki par l'aviation américaine et l’invasion soviétique du Manzhouguo. Le traité de paix avec la Russie est toujours en négociation, en règlement du problème des îles Kouriles du Sud, occupées par cette dernière depuis la fin du conflit.

Le Japon, dont plusieurs des villes majeures ont été dévastées par les bombardements, est occupé par les troupes du Commandant suprême des forces alliées, MacArthur. Celui-ci met en place le tribunal de Tokyo pour juger quelques-uns des dirigeants politiques et militaires de l’empire mais exonère tous les membres de la famille impériale ainsi que les membres des unités de recherche bactériologiques.

Confiné à l’archipel, le pays demeura sous la tutelle des États-Unis jusqu’en 1951 (traité de San Francisco). Ceux-ci imposèrent une nouvelle constitution, plus démocratique, et fournirent une aide financière qui encouragea le renouveau du Japon. L’économie se rétablit ainsi rapidement et permit le retour de la prospérité dans l’archipel dont les Jeux olympiques de Tokyo et le lancement du Shinkansen en 1964 furent les symboles.

Des années 1950 jusqu’aux années 1980, le Japon connaît un apogée culturel et économique et une formidable croissance. Toutefois, ce « miracle économique » prend fin au début des années 1990, date à laquelle la « bulle spéculative immobilière japonaise » éclate, marquant le début de la « décennie perdue ». Ces années sont aussi marquées par une certaine instabilité politique (avec la première chute d’un gouvernement par une motion de censure en 1993) et plusieurs catastrophes d’origines humaine (attentat au gaz sarin dans le métro de Tokyo en 1995) ou naturelle (tremblement de terre de Kōbe, également en 1995).

Actuellement, bien que sa part soit relativement faible dans les finances de l’État, le Japon occupe, en matière de budget militaire, la cinquième place dans le monde en chiffres absolus, mais l’importance de ce budget ne fait pas pour autant du Japon une grande puissance militaire. La constitution japonaise interdit en effet le maintien d’une armée, le droit de belligérance et le lancement de toute opération militaire en dehors de ses frontières autre que dans le cadre de l’autodéfense. La « force d’autodéfense » japonaise est un corps militaire professionnel disposant de moyens techniques avancés.

Avec la guerre d'Irak en 2003, la Constitution a été aménagée pour pouvoir déployer des troupes hors de son territoire dans le cadre d’opérations à caractère strictement non militaire (reconstruction, aide humanitaire…). De la sorte, le Japon espère acquérir un rôle diplomatique plus en rapport avec sa puissance économique.

Le 11 mars 2011, un grave séisme de magnitude 9,0, suivi d'un tsunami, frappe l'est du Tōhoku autour de Sendai, provoquant la mort de plusieurs milliers de personnes, de très graves dégâts dans toute la partie nord-est de Honshū et l'accident nucléaire de Fukushima.